1、东京大学
东京大学是日本实力最强的大学，也是日本最早建立的大学。被称为日本的最高学术殿堂，位列七所旧帝国大学之首，在世界范围内也非常著名。1877年“东京开成学校”与“东京医学校”合并组成了东京大学，共设法学、医药、科学、农业、经济学、艺术等院系，是一所综合型大学。共有7个校区，总面积达1.375平方千米。
建校141年来东京大学共培养了16位日本首相，9名诺贝尔奖得主、6名沃尔夫奖得主、1名菲尔兹奖得主。2018QS世界大学排名第28，2018QS亚洲大学排名第13。
2、京都大学
京都大学是日本国内仅次于东京大学的国立综合大学，建立于1897年，是日本第二所旧制帝国大学，是日本科学家的摇篮。京都大学共设有10个学部，包括文学、经济学、医学、法学、理学、农学等，独立思考和判断能力是京都大学培养学生的宗旨。京东大学共培养了两位日本首相、9位诺贝尔奖得主、2名菲尔兹奖得主、7名世界500强企业的CEO。在2018ARWU世界大学学术排名中位列第35。
3、东京工业大学
东京工业大学是日本国内最好的理工科大学，也是世界一流的理工科大学，位列日本最好的大学排名第三。东京工业大学建立于1881年，至今已有137年历史。东京工业大学曾于2006年研制出亚洲最快的超级计算机“TSUBAME”，共拥有99件专利，是日本大学中最多的。曾经培养出白川英树、大隅良典两位诺贝奖得主。在全球大学就业能力排行榜中位列第19。
4、一桥大学
一桥大学同样位于东京，有着“亚洲哈佛”之称，而且本科仅开设经济学、法学、商学、社会学四个专业，是日本唯一专攻人文社会科学的小规模精英大学。全校仅有4000人左右，而且一般是一位教授对10位学生进行小班教学。一桥大学自1875建校以来为日本的社会和经济发展做出了巨大的贡献。知名校友有前日本首相大平正芳、前东京都知事石原慎太郎。
5、大阪大学
大阪大学创办于1931年，也是七所旧帝国大学之一，综合实力仅次于东京大学与京都大学。2007年合并了大阪外国语大学，成为了日本最大的国立大学法人。大阪大学共设有文学、法学、经济学、医学、工学、外语等11个学院。其办学目标是希望学生能有看穿事物本质的能力，而且由于大阪工业城市和国际门户的特殊坏境，使得大阪大学形成了务实的学风。日本日本第一位诺贝尔奖得主汤川秀树就出自大阪大学。
6、名古屋大学
名古屋大学是日本中部地区最高学府，位列日本最好的大学排名第六。名古屋大学建立于1871年，发展至今共有10个学部，学生16610人，教职员工3386人，共培养了6位诺贝尔奖得主和1位沃尔夫奖得主。知名校友有丰田汽车社长丰田章一郎，“打工皇帝”唐骏，鲁迅在日本留学时的老师藤野严九郎。
7、东北大学
东北大学建立于1907年，是日本第一所接收女学生和外国学生的大学。东北大学一直坚持尊重研究、讨论式教学、门户开放等传统，也是其特色办学模式。而且东北大学共有10个学部，设有24个学系，开办111个专业，数量惊人。东北大学的知名校友中有众多中国学者，1904年鲁迅曾在东北大学医学部读书。
8、九州大学
九州大学创立于1911年，曾是京都大学的分部，起初仅有医学和工学两个学科，后又增加了农学、文学、理学等。目前九州大学共设11个学部、17个学府、16个研究院，在校学生18200人。知名校友有桥本策，若田光一，郭沫若等等人。
9、北海道大学
北海道大学建立于1876年，是日本最高高等教育机构，现列日本最好的大学排名第九。目前共设12个本科学院、18个研究生院、3个附属研究所，在校学生共18000人。其中有754名中国学生，占据了全校半数以上的留学生。北海道大学始终秉承着开拓精神、全方面教育、重视实学的办学理念。2010年，北海道大学工学部教授铃木章获得诺贝尔化学奖。
10、早稻田大学
早稻田大学是由日本前首相大隈重信在1882年创立，现共有13个学部，20个研究所，始终以追求学术的独立，学术的活用、造就模范国民为办学宗旨。早稻田大学的知名校友涵盖了政治、经济、文学、演义、体育等多个行业，其中有7名日本首相，索尼、卡西欧、三星、东芝、任天堂、松下、三洋创始人，村上春树，李大钊、陈独秀。