1、故事从张翠山夫妇回到中原，张无忌被玄冥二老虏走开始。张无忌被关在武当山下的屋内，调查屋子的门离开小屋，然后从地图右上的出口上武当山(山道上的战斗输赢都可以继续发展剧情)。武当山上上演张翠山夫妇自刎剧情，张无忌在大殿内因寒毒发作晕厥。
2、两年后，无忌醒来先去紫霄殿内殿找张三丰，对话后去找宋远桥、俞莲舟、张松溪让他们传授武功，分别会获得梯云纵秘籍、六和劲秘籍、武当长拳秘籍和小擒拿手秘籍(有了秘籍才可以进行冲脉修炼)。随后再去找张三丰，他会带无忌上少林求取九阳神功秘。前往少林的路上发生的战斗让张三丰打头可以轻松解决所有敌人，但是在少林寺三大神僧断然拒绝了张三丰的请求。无奈之下张三丰只得带无忌返回武当，途中经过汉水时救下常遇春，常遇春为报答救命之命决定带无忌去蝴蝶谷找胡青牛医治，而同时救下的周芷若则由张三丰带回武当。
3、在蝴蝶谷，胡青牛拒绝为无忌医治，常遇春被打伤。无忌与小童对话知道在毒花林和百草林能找到何首乌、紫河车、大黄制成紫雪宝丹才能救常遇春。两个林子里的怪物只要学会了武当九阳功和小擒拿手就不难对手。成功地拿到需要的物品再回去医治常遇春。
4、又过了两年，无忌遇到了纪晓芙等人上门求医。无忌先为她稍加诊治，随后再去请示胡青牛，胡青牛不治非明教底子，但是无忌会以巧妙的方法套出药方，随后在百草里和毒花林里找到药材桃仙、大黄、五味子、五灵脂、熊胆、玉蜜蜂浆便可让小童配药。但是当晚发现有人在药里下毒，次日与纪晓芙商议后得知是金花婆婆害了这些门派的人，胡青牛得知此事赶去救王难姑，按照胡青牛的药方救下王难姑就会发生胡青牛讲述与王难姑前尘往事的剧情，之后金花婆婆来到，在无忌的帮助下，金花婆婆飒羽而归，无忌因此获得了医经与毒经。
5、灭绝师太来到蝴蝶谷要纪晓芙去杀杨逍，纪晓芙宁死不从而遭灭绝杀害。她临终前让无忌带着杨不悔去昆仑山坐忘峰找杨逍。
6、去昆仑山途中遇到中毒的詹春与苏习之，找到南星就可以给他们解毒。地图下方有一个郎中，从他那里买得南星，给两人解毒后会结伴同上昆仑山。见到何太冲后知道它的爱妾五姑重病求医。无忌诊断其病需要灵脂兰。在房屋边上打一条蛇就可得灵脂兰，随后何太冲设宴款待，但是宴席上的酒却有毒。无忌保护杨不悔巧妙地逃出了昆仑派，在山脚下何太冲夫妇前来追杀，杨逍及时出手相救，这样杨家父女得以团聚。在告知杨逍纪晓芙之死真相后，无忌离开昆仑山。
7、无忌在返回途中迷路，在出口打倒一条狗救下小猴子，但无忌受伤昏倒。醒来后发现身在朱武连环庄，去大殿见到卫壁和武婴前来拜年，随后无忌偷听众人谈话，但却因为笑出声而被迫动手，获胜后朱长龄前来维护无忌，随后嘱咐朱九真照顾无忌。
8、次日假冒金毛狮王的人来朱武庄生事，无忌将其识破并说出自己的真实身份。就在众人要与无忌一起准备前往冰火岛的时候，某日晚无忌跟踪朱九真发现了他们欲借无忌之手夺取屠龙刀的阴谋，无忌被迫在大殿与朱长龄决战，在逃离朱武庄时与朱长龄一起跌落悬崖。
9、醒来后无忌身在惊神峰山谷，打倒白熊后发现一只死亡的白猿。再其肚子里发现了《九阳真经》。随后就开始修炼此功，功成之日再去找朱长龄，但是无忌却被朱长龄设计摔断了双腿。在一村庄内无忌遇到了蛛儿。此时无忌化名曾阿牛。不久一群人来找蛛儿寻仇，无忌暗中出手击退众人。就在蛛儿要带无忌离开山谷的时候却遇到了灭绝师太，灭绝将二人带到了大漠，在灭绝与明教的交手中，无忌挺身而出接下灭绝三掌。但是蛛儿却在关键时刻被韦一笑掳走，无忌赶紧追了上去，但是韦一笑没追到却在大漠边缘见到了布袋和尚说不得。之后无忌被他装入乾坤袋带去了光明顶议事厅，明教精英尽在于此。但是所有人均被成昆偷袭，无忌及时出手击退成昆，并追着他进入了明教密道。在密道内无忌见到了杨不悔和小昭，杨不悔赶去了议事大厅，而无忌与小昭继续追成昆，可是两人中了陷阱。在寻找道路的时候无忌在练功室获得了乾坤大挪移心法(注意，按剧情需要修炼此功才能离开密道，但是游戏里不需要修炼即可离开)。
10、之后需要在不同的房间内切换才能走出去，光明顶密道房间对应如下：5号门无妄之间：2号门旅之间：4号门中孚之间：6号门。