衢州高铁站和火车站是一个站，即衢州站。
衢州站的车站站房为大二层结构。中部为候车大厅，候车大厅总面积9850平方米，采用“高普合一”候车模式，为开放式集中候车，内设有实名验证及安检区、候车区、检票区等。
有3处检票区：位于左侧的1号检票口为高铁检票区，位于右侧的2号检票口为普铁检票区，3号检票口位于候车大厅南侧。
旅客通过1或2号检票口检票进站后，沿步行楼梯或扶梯到达2层出发区，向前进入进站天桥至各站台，即可乘车。候车厅二层为换乘旅客候车区。
沪昆铁路、沪昆客运专线铁路、衢九铁路旅客可在衢州站内实现换乘。进站天桥楼梯设有“便捷换乘”指示牌，由楼梯上至进站天桥进行候车或换乘，在站房二层设有换乘候车区。
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衢州站的历史沿革：
铁路衢州站始建于1933年，为衢州城区的“南大门”，是衢州市乃至浙西南地区重要的交通集散中心。车站位于浙江省衢州市柯城区，荷花中路南端。
2004年1月，浙赣铁路电气化提速改造工程开工。穿城而过的浙赣铁路取直南移至现衢州城区南侧，将新建衢州火车站。同时，拆除东立交，中立交，西立交，实现新老城区无缝对接。
2004年12月16日，衢州火车站新客站开工建设，该工程为浙赣铁路电气化建设的重点工程之一。
2005年，为适应原铁道部体制改革及浙赣铁路（沪昆线）提速，衢州车务段合并入金华车务段。
2005年8月24日，新火车站站前广场及雕塑建设征求市民意见。
2006年1月2日，新火车站站房工程通过初验。
2006年5月29-30日，衢州火车站搬迁新址。5月29日衢州新火车站正式启用，由上饶开往上海方向的5086次客车成为第一列停靠并通过新站的列车；老火车站接完广州至宁波的K210次旅客列车和最后一趟通过的K182次旅客列车后，当班职工全部撤离，售票窗口关停。
2006年8月，开始拆除原线铁轨；2006年9月5日，衢州老火车站柯城区黄家街道十五里段至衢江区樟潭段、全长20公里的铁轨拆除完毕。经过城区的铁路拆除后，原地块建设为城市带状公园。老火车站站房保留，改造为会展中心。
2007年，首列动车组列车来到衢州站；衢州进入“动车时代”。此后，动车组列车在历次车次调整中数量不断增多，密度不断加大，辐射范围不断扩大。
2013年，杭长客专衢州站场开始建设，新建高速站场、站台、跨线天桥和地道、维修工区等。搬迁原衢州站货场至扩建后的衢州东站，在原货场区块建设衢州站高速站场。
2014年，衢州站站场及站房设施、站房布置进入实质改造阶段：配合高速站场建设，拆除原有天桥，在原有天桥东侧建设新进站天桥；改造1，2，3站台；新建出站地下通道；候车厅二层改造为临时高铁候车室；启用自动售票机；站前广场交通换乘区进行相应调整。
2014年12月10日，杭长客专正式开通运营，衢州迎来高铁时代。
2015年，建造临时候车室；普速1-3站台进行改造。
2015年底，承担衢州站站房在扩改建期间的客流的临时站房基本完工，1-3站台基本改造完成；衢州市综合客运综合枢纽同时开工。
2016年1月16日，衢州站站前广场中心区域正式封闭，施工单位进场施工，标志着衢州火车站站房扩改建工程正式开工，该工程由中铁电气化局承建。
2016年2月26日，衢州火车站临时站房正式启用，车站所有业务（客运、行包、票务等）均转移至临时站房办理；既有站房及站前广场进行封闭施工改造。
2016年4月开始，配合九景衢铁路和衢宁铁路接入衢州站，对衢州站普速站场的股道布置、牵引线路布置、站台、天桥等配套建筑进行一系列的改造建设。
2016年4月12日开始，为配合九景衢铁路和衢宁铁路线路接入衢州站普速站场等站场改造相关工程，衢州火车站暂停办理普速列车客运业务，预计将在2017年1月12日恢复。
2017年1月6日，衢州火车站新站房正式启用，原先暂停在衢州站办理客运业务的普速列车也逐步恢复。
2017年9月1日上午7点多，由上海南动车运用所发出的CRH-2010综合检测车抵达衢州站普速场，进行接下来的衢九铁路联调联试。衢州普速场在杭长客专开通运营3年以来再次迎来动车组列车。
2017年12月28日，“复兴号”动车组列车首次来到衢州站。衢九铁路的开通，使衢州由此成为华东地区第一个县县通高速公路、高铁的“双高”地级市。