一个在东南读书的厦门人激情作答
总的来说，两所学校有非常多相似的地方；学科则各有侧重，厦大文理一流，东南工科突出，总排名相近，不存在某所学校一定更好的问题。
首先名头上，二者都是985、211、世界一流大学A类高校、中央直管副部级大学；
其次，两所学校的综合排名真的很接近！！很接近！！这几年好多排名里两所学校互相领先，有时候东南略高一两名，有时厦大更前一点。
事实上，东南和厦大都是“中坚九校”——哈工大、中山、武大、华科、西交、厦大、东南、北理工、天津大学之一，代表着我国高等教育的中坚力量，各省市平均录取分数线也并没有很大差异（据我所知以前厦大略高，现在工科热门，东大分数也水涨船高）。
其他很少有人注意的共同点：
两校都在1921年获得“大学”的名称（厦大成立，东南前身国立东南大学开始招生），都是声誉卓著的百年名校；
两校校训都有“止于至善”四字（厦大校训“自强不息，止于至善”，东南校训“止于至善”。民国的厦大和国立东南大学是完全一样的“止于至善”）；
两校老校区都毗邻一座千年古刹：东南大学四牌楼校区过一条马路就是“南朝第一寺”鸡鸣寺，厦大思明校区与中国佛教高等教育发端南普陀仅一墙之隔；
两校新校区均远离市中心，偏远但是交通便利：都通有地铁三号线（东南新校区九龙湖校区在江宁开发区，厦大新校区设在翔安。九龙湖的南京地铁3号线已经通车，厦大翔安校区规划有厦门地铁3号线支线，大约2022年通车。两校的地铁也都连接了新校区和老校区），且都与国际机场同在一个行政区（禄口机场和建设中的翔安机场）。
相同点说完了，下面是两所学校的差异：
优势学科：
厦大是传统的文理名校，东南则历来以工科著称。
厦门大学：
海，是厦大的灵魂。在游客眼中，海是如诗如画的美景，是厦大“最美大学”名头的主因；于厦大而言，则是得天独厚的海洋科研条件。厦大是我国海洋科学研究的开端，无数学界泰斗从这里走出；1923年即有研究成果发表于世界顶级期刊Science，与世界各大学均有合作关系。如今海洋专业的另一所顶尖学府中国海洋大学，就是以厦大为主要前身之一建立的，第四轮学科评估中厦大海洋学获评A+（全国前2），也是双一流建设学科，在国际上仍有广泛影响。
厦大化学系建立了我国第一个物质结构研究所、第一个催化化学教研室，中国化学会首批会员有多位厦大教授，是双一流学科。第四轮学科评估获得A（全国前7），高于南京大学、上海交大等顶尖大学，拥有几乎是我国物理化学领域的最高峰——固体表面物理化学国家重点实验室，是全国唯一历届评估全部优秀的化学化工类国重室，有6位全职院士。整个化院的全职院士仅次于北大和中科大。历史上我国两位在国际电化学学会担任领导职务的科学家，都是厦大教授。中科院前任院长、我国物理化学泰斗卢嘉锡院士在厦大学习、从教长达25年，他与其他教师一道努力，奠定了今日厦大化学崇高的学术地位。
（我在东南学线性代数的时候，老师举的唯一一个实际应用的例子，就是厦大把群论与化学相结合做出来的成果，足见厦大化学声名远扬）
生物学也是厦大强项之一，第四轮学科评估获评A-（8~16名），第三轮学科评估第11名，超过了浙大、山川吉这些老牌综合大学的生物系，有国家理科生物学基础科研基地、国家生命科学与技术人才培养基地，是基础学科拔尖学生培养试验计划（生物学）的16所高校之一，有全职院士和多个国家级中心。印象里疫苗研究尤为突出，全世界第一个戊型肝炎疫苗、第一个国产宫颈癌疫苗都是厦大的成果。
当然，名气最大的要数厦大的经管学科。无数金融大鳄、政界名流本身就是厦大经管学科的最佳代言，“艾利斯顿商学院”等影视剧中的频频亮相又为这份名气锦上添花。然而这并不是有名无实，厦大经济研究所是中国高校第一个经济学研究机构，有“中国高校第一所”的美誉；中国第一位MBA、第一位会计学博士、第一位审计学博士、第一位财政学博士也都出自厦大。学科评估中，厦大也有卓越的表现：
基本科学指标数据库（ESI）排名是世界公认的衡量科学研究水平的重要指标，每两个月更新一次。在2019年5月的最新排名中，东南大学“计算机科学”（Computer Science，涵盖狭义的电子科学、通信科学、计算机科学等弱电类学科门）在全球近4.5万个进入数据库的大学、科研院所中高居第17位。换句话说，东南大学电子类学科属于全球前万分之四的世界顶尖水平，且仍在不断进步。细心观察这份榜单，东南大学的“顶级论文数”、“高被引论文数”更是超过清华，位列全国第一，足以说明东大电科水平之高。东南所有的3个国家重点实验室都是电类相关：移动通信、毫米波、生物电子学，其中生物电子学国重室依托的生物医学工程是我国第一个相关专业，第二、三轮学科评估均为全国第一，第四轮评估与华中科大并列A+（全国前二）。其他涉电类学科如自动化（第四轮评估A-）、仪器科学与技术（第四轮A-）、计算机（B+）、电气工程（B+）同样稳居全国前列，有悠久的学科传承。东大是名副其实的电类强校！
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