2012年12月19日，国家发改委正式批复同意新建上海至南通铁路南通至安亭段。线路从宁启铁路拟设的平东站引出，经南通市九圩港上游2公里处，跨长江天生港水道接南岸，经张家港、常熟、太仓、安亭接京沪铁路 全线设平东站、南通西站、张家港北站、张家港站、常熟站、太仓港站、太仓站、安亭站、黄渡站等车站。沪通铁路线路等级为国铁Ⅰ级，客车设计行车速度达到200公里/小时。沪通铁路建成后，上海至南通有望1小时内互达，比现在乘汽车的时间缩短1小时左右。此外，江苏省南通市铁路办主任刘建中还强调，沪通铁路列车人均乘坐费用将不超过90元，争取比乘坐汽车费用节省1/3。 沪通铁路的功能定位很明确：以承担上海、苏南与苏北地区城际旅客交流为主，兼顾货物运输和中长途旅客交流的铁路通道。可在上海至徐州、上海至南京间形成新的通道，缓解东部地区过江能力紧张的局面。根据远景规划，沪通铁路建成通车后，南通至太仓段开行客车可达100对/日、货运2500万吨/年；太仓至安亭段客车120对/日，货运1500万吨/年。沪通铁路将进入浦东在规划过程中，从太仓经宝山通往浦东的分支线路为了避让居民区，先后进行过两次调整，涉及路段约30公里。沪通铁路从太仓开始呈Y形走向，一条连接沪宁线，另一条从宝山、浦东接入现在的浦东铁路；线路建成后 列车运营分为南通-太仓-安亭方向、南通-太仓-浦东两个方向，都将有动车组列车运行。轨道交通专家、同济大学教授孙章认为：“沪通铁路不仅方便浦东居民外出，而且其连接外高桥和芦潮港，有助于提高外高桥码头和洋山港的集装箱铁路运输比例，缓解陆路集卡对交通的压力。”根据2010年的铁路沪通线上海（安亭、四团）至南通段环境影响报告书，沪通铁路在太仓站分支后，其中一支经徐行、杨行、张庙、外高桥、曹路、祝桥、浦东火车站、邵厂到四团，长度约112公里，与现在从上海南站至芦潮港的浦东铁路一期衔接。但在规划过程中，为了避让居民区，从太仓经宝山通往浦东的分支线路先后进行过两次调整，涉及路段约30公里，其中宝山杨行站至市界段：从沪通铁路宝山杨行站出发后，向西北方向，调整线路至市区边界，长度约27.4公里，具体线路改为沿规划S7快速公路西侧、G1501（郊环）公路南侧和江杨北路东侧行走；外高桥保税区段原先的线路走向也进行了优化调整，调整后的线路走向比原线路往西南方向偏移，在外环运河西侧行走，跨过洲海路后，1600米半径斜跨外环运河、芦九沟、A20公路(环东二大道)后折向东行，线路长约2.7公里。
