截至2019年11月，沪通铁路在太仓境内设的站是太仓港站和太仓站，太仓港站位置尚在规划中，太仓站位于石头塘东侧与339省道交汇处。具体介绍如下：
1、太仓港站
太仓港站是沪通铁路的一个中间站。太仓港站以货运为主，货流主要通过璜北路、站后大道进站,避免与客流相互干扰。同时，太仓港站考虑开设通往太仓港区的疏港专线，站区货运主要来自三个方向:港口码头方向、三个物流分园区方向及主物流园区方向。
2、太仓站
沪通铁路太仓半高架站是沪通铁路的一个中间站，太仓站为客运站，位于石头塘东侧与339省道交汇处。火车站跨新塘（浏河镇新塘区张桥村）和陆渡（娄东街道陆渡区洙桥村），但大部分在新塘张桥村境内。
太仓段全长29.03公里。线路在王秀和归庄之间从常熟进入太仓境内，至石头塘东侧后，平行石头塘贯穿太仓市域，至太仓站后一支向西南方向跨新浏河后，途经科教新城、城厢镇新农村，经昆山花桥后接入京沪铁路既有安亭站;另一支从太仓站向东进入上海宝山区接入既有北杨支线杨行站。
(2)沪通铁路太仓南站位置扩展阅读
沪通铁路的线路站点：
沪通铁路一期工程从宁启铁路新设的平东站引出，经南通市九圩港上游2公里处，跨长江天生港水道接南岸的张家港十三圩，经张家港、常熟、太仓接入京沪铁路安亭站。
沪通铁路全线设平东站、南通西站、张家港北站、张家港站、常熟站、太仓港站、太仓站、安亭站、黄渡站9个车站，正线全长137.473公里。
沪通铁路太仓至四团段，新建沪通铁路太仓（含）至四团站（含）段全长约111.836km、新建外高桥铁路集装箱办理站。
其中主线工程位于太仓市、昆山市线路长度为7.25km，其余均位于上海市。另建设徐行至太仓南上下行联络线工程5.224km、太仓南至陆家浜联络线工程12.7km、外高桥港区铁路装卸线，联络线工程线路长度为17.924km。