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上海軌道交通9號線由上海地鐵第一運營無限公司擔任運營管理。 其投資建立跟運營的義務主體是上海申通地鐵集團無限公司。
上海軌道交通9號線按照上海地鐵履行的管理條例，共有四款，為《上海市軌道交通管理條例》《上海市大年夜眾交通車輛、車站告白設置暫行規定》《上海市國平易近當局對於嚴禁攜帶易燃易爆傷害品乘坐大年夜眾交通東西的告示》《上海市軌道交通運營保險管理辦法》
上海軌道交通9號線按照市物價主管部分批複的軌道交通網路票價體系，即：軌道交通履行按里程計價的多級票價，0~6公里3元，6公里之後每10公里增加1元。9號線票價打算採用最短道路法，即：當兩個站點之間有超越1條換乘道路時，拔取里程最短的一條道路作為兩站間票價打算根據。
上海軌道交通9號線參加上海軌道交通的各種優惠票價辦法，包含公交軌道聯乘優惠、大年夜眾交通卡地鐵乘坐滿70元累積優惠、出站換乘票價持續打算。
除了單程票跟上海大年夜眾交通卡以外，上海軌道交通9號線亦接收各種特別票卡，包含一日票、三日票、紀念票、手機卡、磁浮地鐵一票通。