停止2019年，南京地鐵已開通運營線路共有10條，分辨是、2、3、4、10、S1、S3、S7、S8及S9號線。
1、南京地鐵1號線
南京地鐵1號線是南京地鐵第一條建成運營的線路，於2005年5月15日開通旅交運營，同年9月3日正式運營，標記色為藍色。
地鐵1號線道路棲霞區、鼓樓區、玄武區、秦淮區、雨花台區跟江寧區，線路北起邁皋橋站，沿南京主城南北中軸線一路南下，於安德門站向西北轉至江寧東山片區，進入江寧大年夜學城，南至中國藥科大年夜學站。
2、南京地鐵2號線
南京地鐵2號線是南京地鐵第二條建成運營的線路，於2010年5月28日正式運營，標記色為白色。地鐵2號線道路建鄴區、鼓樓區、秦淮區、玄武區跟棲霞區，線路西起油坊橋站，北上經河西新城核心地區後，沿南京主城東西中軸線一路向東，南繞紫金山，進入仙林大年夜學城，東至經天路站。
3、南京地鐵3號線
南京地鐵3號線是南京地鐵第六條建成運營的線路，也是南京地鐵第二條開通的過江線路，於2015年4月1日正式運營，標記色為綠色。
地鐵3號線道路浦口區、鼓樓區、玄武區、秦淮區、雨花台區跟江寧區，線路北起江北新區的林場站，下穿長江進入主城一路南下，進入東山副城，南至秣周東路站。
4、南京地鐵4號線
南京地鐵4號線是南京地鐵第七條建成運營的線路，於2017年1月18日正式運營，標記色為紫色。地鐵4號線一期工程道路鼓樓區、玄武區、棲霞區跟江寧區，線路西起龍江站，由南京主城一路向東，北繞紫金山，進入麒麟新城，東至仙林湖站。
5、南京地鐵10號線
南京地鐵10號線是南京地鐵第一條開通的過江線路，於2014年7月1日正式運營，標記色為噴鼻檳色。地鐵10號線一期工程道路浦口區、建鄴區跟雨花台區，線路西起江北新區的雨山路站，經過浦口新城，下穿長江進入河西新城，東至安德門站。
6、南京地鐵S1號線
南京地鐵S1號線（又稱機場線）是南京地鐵線網中一條南北走向的線路，於2014年7月1日正式運營，標記色為寶石綠。地鐵S1號線道路雨花台區跟江寧區，線路北起南部新城的南京南站，一路南下經過江寧東山片區西側、江寧經濟技巧開辟區、秣陵片區、祿口新城， 南至空港新城江寧站。
7、南京地鐵S3號線
南京地鐵S3號線（又稱寧跟線）是南京地鐵第八條建成運營的線路，也是南京地鐵第三條開通的過江線路，於2017年12月6日正式運營，標記色為粉紫色。
地鐵S3號線路過江寧區、雨花台區、建鄴區跟浦口區，線路東起南部新城的南京南站，一路向西經過雨花經濟開辟區北部、鐵心橋地區、河西新城南部，行駛大年夜勝關長江大年夜橋公用過江通道超越長江，進入橋林新城，西至高家沖站，是中國唯一一條在橋上與高鐵並行的地鐵線路。
8、南京地鐵S7號線
南京地鐵S7號線（又稱寧溧線）是南京地鐵第十條建成運營的線路，於2018年5月26日正式運營，標記色為薄紅梅色。
地鐵S7號線道路江寧區跟溧水區，線路北起空港新城江寧站，經南京空港樞紐經濟區、南京溧水經濟開辟區，沿秦淮小道穿越溧水副城核心區，進入溧水城南新區，南至無想山站。
9、南京地鐵S8號線
南京地鐵S8號線（又稱寧天線）是南京地鐵第五條建成運營的線路，也是南京地鐵第一條全線位於長江以北的線路，於2014年8月1日正式運營，標記色為深橘黃色。
地鐵S8號線一期工程道路浦口區跟六合區，線路南起浦口橋北地區的泰山新村站，沿江北小道一路向北，經過南京高新技巧開辟區、大年夜廠地區、南京化學產業園區、六合副城，北至金牛湖站。
10、南京地鐵S9號線
南京地鐵S9號線（又稱寧高線）是南京地鐵第九條建成運營的線路，於2017年12月30日正式運營，標記色為明黃色。
地鐵S9號線路過江寧區、溧水區跟高淳區，線路北起翔宇路南站，經寶穴、石湫、明覺後，與寧高新通道併線上跨石臼湖，經連合圩，進入高淳城北科技新城，南至高淳站。