根據2006年宣布的《東莞市軌道交通建立打算》[1]，東莞軌道交通將設有4條市域線（R1至R4線）跟1條市郊鐵路（廣深市郊鐵路）。
R1線
R1線R1線由麻涌鎮麻涌站連接黃江鎮黃江南站，呈西北至西北走向，是東莞連接廣州、深圳的疾速接洽線。全長65.8公里，地下線佔13.6公里，其餘均為地上線。該線是五條道路之中最長的一條，亦是R1至R4線中站距最長的。設站6至9個，其中3個為換乘站。在西北端麻涌鎮連接廣州地鐵蟹山站，西北端黃江鎮則連接深圳地鐵[3]。
在深圳市打算局宣布的《深圳市軌道交通打算》中，R1線將會與深圳地鐵6號線相互接駁，在機會成熟時兩線列車可直接交往東莞莞城跟深圳龍華火車站，以實現深莞城際線的功能。
R1線麻涌站至松山湖站一段，估計於2016年開工，2020年通車；餘下松山湖站至黃江南站一段，將會在2021年至2025年間建立[4]。
R2線
R2線R2線由石龍鎮石龍站通往長安鎮的長安汽車站，連接東莞西部的轆集城鎮帶，呈北至西南走向。全長59.4公里，地下線占約11.7公里，打算設站20個，其中4個為換乘站，分辨是與廣深市郊鐵路換乘的石龍站、與廣深港高速鐵路交匯的新東莞站、與R1線換乘的會展核心站跟與R3線換乘的長安汽車站。北部在石龍預留介面往增城，南部則在長安通往深圳，連接深圳機場站[5]。同時，R2線會展核心站至長安汽車站一段亦會與廣深城際軌道交通（即穗莞深城際線）共線運營[2]。
R2線估計於2009年開工建立，2015年完工通車[4]，是R1至R4線中打算最早通車的道路。
在2007年4月1日東莞市藏書樓的展示中，R2線的站點初次對大年夜眾頒布[6]。R2線全線站名如下：
石龍－茶山－學院路北－理工學院－東城西路－橫中路－會展核心－新城核心－南城水濂公園－厚街小道－厚街汽車站－厚街展覽核心－新東莞站－虎門汽車站－虎門商貿城－大年夜寧－長安廈邊村－長安沙頭－長安步行街－長安汽車站
R3線
R3線R3線連接長安鎮長安汽車站跟謝崗鎮謝崗南站，是一條西南至東走向的道路，目標是促進東莞東西部交通聯繫。全長57.4公里，其中有約12.0公里為地下線，並打算設站19至29個及4個換乘站。其中兩個換乘站分辨交匯R1、R2線，其余兩個換乘站與國度鐵路（包含廣深市郊線）東莞站及東莞東站交匯。R3線的東段沿京九鐵路而行，並在經由過程謝崗鎮後，設有與惠州都會軌道交通交匯的預留介面。
R3線打算分三段建立，第一期工程為松山湖站至東莞東站，將於2016年至2020年間建立；第二期長安汽車站至松山湖站將於2021年至2025年間建立；第三期東莞東站至謝崗南站的建立時光為2025年至2030年[4]。
R4線
R4線R4線位於東莞西北部，呈東西走向連接黃江鎮黃江南站至清溪鎮清溪汽車站。全長25.2公里，全線均為地上線，打算設站8至12個。除了在黃江南站與R1線換乘外，亦有一站與廣深市郊鐵路換乘。
R4線估計在2025年開工建立，2030年完工通車[4]。
廣深市郊鐵路
廣深市郊鐵路廣深市郊鐵路指現行的廣深鐵路。該鐵路在東莞市內將具有都會軌道交通的功能，作為北至西南偏向的道路，俱有連接東部城鎮轆集帶的功能。東莞段全長56.4公里，約設站7個，並有3個換乘車站。
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