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明朝的金陵指的是南京。
明太祖洪武元年正月初四（公元1368年1月23日）称帝，八月初二诏以金陵为南京；洪武十一年正月（1378年2月）定为京师；成祖永乐十九年正月初一日（公元1421年2月2日）迁都，仍为南京。
明朝京师南京城从内到外由宫城、皇城、京城、外郭四重城墙构成。数百年的沧桑，宫城、皇城、外廓三圈城墙已毁坏殆尽，惟有高大的京城墙，除城门等木构建筑不复存在，城墙依然屹立。所以，通常所称的“南京城墙”、“南京明城墙”即指京城墙。
南京城的修建可以分成四个阶段。第一阶段是在钟山的西南麓新筑皇城和改筑南唐以来的金陵旧城；第二阶段是自旧城的西北端沿外秦淮河向北筑新城墙直到龙江关（今下关）；第三阶段是建造聚宝门、三山门、通济门各主要城门，以及玄武湖旁城墙和各主要街道；第四阶段是建造外郭城。