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明朝的金陵指的是南京。
明太祖洪武元年正月初四（公元1368年1月23日）稱帝，八月初二詔以金陵為南京；洪武十一年正月（1378年2月）定為京師；成祖永樂十九年正月初一日（公元1421年2月2日）遷都，仍為南京。
明朝京師南首都從內到外由宮城、皇城、首都、外郭四重城牆構成。數百年的滄桑，宮城、皇城、外廓三圈城牆已破壞殆盡，惟有矮小的首都牆，除城門等木構制作不復存在，城牆仍然屹破。所以，平日所稱的「南首都牆」、「南京明城牆」即指首都牆。
南首都的建築可能分紅四個階段。第一階段是在鐘山的西南麓新築皇城跟改築南唐以來的金陵舊城；第二階段是自舊城的西北端沿外秦淮河向北築新城牆直到龍江關（今下關）；第三階段是制作聚寶門、三廟門、通濟門各重要城門，以及玄武湖旁城牆跟各重要街道；第四階段是制作外郭城。